Et fællestræk for snittene gennem hjernestammen er, at de indeholder kerner, dvs. øer af grå substans, altså hobe af nerveceller. Kernerne gør hjernestammen lidt sværere at forstå indtil man bliver klar over at de kan inddeles i kerner der svarer til baghorn (b) i medulla spinalis, de er sensoriske, og kerner der svarer til forhorn (f), de er motoriske, og endelig kerner der svarer til lateralhorn (1), de er autonome.