Mens vi i medulla spinalis får dannet forhorn, lateralhorn og baghorn, så vil vi i hjernestammen ikke få dannet en sammen-hængende grå substans, men en mængde spredte øer af grå substans, de såkaldte kerner. Fra basalpladen dannes motoriske og autonome kerner, (1), (2) og (3), og fra alarpladen dannes sensitive kerner, (4), (5), (6) og (7). Sulcus limitans er stadig bibeholdt ved (U).